Il Conto di Sistema è un conto collettivo ideato per sostenere, in particolare, la formazione nelle aziende di piccole dimensioni, favorendo l'aggregazione di imprese su piani formativi comuni, in ambito settoriale o territoriale. Confluisce nel Conto di Sistema il 26% dei contributi versati a Fondimpresa dalle imprese aderenti.

Queste risorse vengono utilizzate per finanziare piani formativi secondo una procedura di pubblicazione di Avvisi. Generalmente si partecipa agli Avvisi presentando piani in forma aggregata, con un capofila.
Possono presentare domanda le aziende già aderenti a Fondimpresa e quelle che effettuano l’iscrizione al Fondo prima dell’avvio delle azioni formative previste dal piano presentato.

Le aziende che presentano piani formativi a valere sul Conto di Sistema possono presentare anche domanda di finanziamento per piani formativi a valere sul Conto Formazione, e viceversa.